Exakt varför vissa får mjäll vet man inte men sannolikt är orsaken till mjäll en liten jästsvamp (Malassezia furfur) som normalt finns på huden hos de flesta vuxna. Svampen kan finnas hos barn, men det är först i puberteten som den orsakar mjäll, då fettutsöndringen ökar vilket gör att balansen i hårbotten ändras och svampen kan växa till.

När hårbotten retas av svampen börjar den överproducera hudceller och när de dör och packas ihop i det översta hudlagret bildas vita fjäll som faller av. Personer med onormal produktion av hudceller och därmed stor avflagning av mjäll, har antingen ovanligt mycket av den här svampen i hårbotten eller är extra känsliga för den.